医院设有针灸推拿科、肾病科、神经内科、消化内科、呼吸内科、心血管内科、内分泌科、胸外科、神经外科、肿瘤内科、肝胆外科、泌尿外科、骨伤科、肛肠科、儿科、中医内科、中医儿科、妇科、中医妇科、烧伤科、眼科、口腔科、耳鼻喉科、皮肤科、男性科、疼痛科、ICU、乳房病科、病理科、肺功能、支气管镜、肠镜、消化内镜中心、肌电图、脑电图、康复科、检验科、输血科、放射科、B超科、心电图等临床科室和医技科室。
一、浙江省中医重点专科：针灸推拿科、肾病风湿科、肛肠科、神经内科、脊柱病专科。
二、浙江省市共建重点学科：神经内科。
三、衢州市重点（中医）专科：肝胆外科、泌尿外科、肿瘤科、儿科、骨伤科。
四、衢州市级重点学科：神经内科。
五、衢州市医学重点学（专）科：肛肠科、儿科。
六、衢州市中西医结合重点学（专）科：肾病风湿科、肿瘤内科。
七、医院重点（特色）专科：神经外科、皮肤科、烧伤科。
一、优势病种：类风湿性关节炎、痛风、系统性红斑狼疮、干燥综合症、血管炎、骨关节炎、强直性脊柱炎、硬皮病、未分化结缔组织病、颈椎病、腰椎间盘突出证、椎管狭窄、腰椎滑脱、脊柱创伤并发截瘫、急慢性胃炎、消化道出血、急性胰腺炎、慢性结肠炎、胃肠道息肉、肝硬化、脂肪肝、热液烫伤、火烧伤、电烧伤、热压伤、化学烧伤、各种压疮（褥疮）、糖尿病足、下肢溃疡、痤疮、银屑病、面部激素依赖性皮炎、慢性荨麻疹、急慢性湿疹皮炎、各类色素性疾病。
二、优势技术：颈内（股内）临时（永久）置管术、（高位）自体血管内瘘术、腹膜透析、血液透析、血液滤过、血液灌流、腹水回输、床旁持续性血液净化、血浆置换、无痛肠镜检查及治疗术、直肠前膨修补术、混合痔外剥内扎术加肛门成形术、痔动脉结扎术、痔疮套扎术、腹膜外造瘘术、低位直肠癌保肛术、高频电容场痔疮治疗术、PPH治疗痔疮、肿瘤粒子植入术、射频消融术、PreMiD肿瘤超早期筛查技术、腹腔镜下胆囊切除术、肝胆活检术、肝囊肿开窗引流术、胆总管切开取石术、十二指肠穿孔修补术、脾切除术。
